Stagiaire, Équipe de développement technologique

Soofia est étudiante en biologie des systèmes et de l’information à l’Université Concordia, avec une formation en informatique et en génétique. Durant son stage au C3G en tant que stagiaire en développement technologique, elle a créé un tableau de bord Web permettant de comparer les performances des algorithmes d’appel de variants selon différentes technologies de séquençage (dont Illumina, PacBio, ONT et MGI) et divers algorithmes. La plateforme traite automatiquement des données de benchmarking complexes et génère des visualisations interactives pour aider les clients à explorer et à déterminer quelles plateformes de séquençage et quelles approches computationnelles répondent le mieux à leurs besoins de recherche. Elle a développé cet outil en appliquant son expérience en Python et en SQL au traitement des données en back-end et aux opérations de base de données avec SQLAlchemy, tout en apprenant R Shiny pour concevoir l’interface interactive et Reticulate pour intégrer les deux environnements.

Témoignage

Il s’agissait de ma première expérience en conception d’une interface conviviale, ce qui a impliqué beaucoup d’essais et d’erreurs, de tests et de rétroaction. Au-delà du développement technique, ce stage m’a permis de mettre à profit mes compétences en résolution de problèmes et mes connaissances en génomique pour relever des défis concrets. Il m’a aussi donné une vision plus large du domaine de la bio-informatique et une meilleure compréhension des pipelines d’appel de variants en recherche génomique.