« Le stage au C3G m’a permis d’amener mes compétences (bio)informatiques à un nouveau niveau professionnel. Sur le plan personnel, cela m’a aidé à mieux comprendre comment je souhaite orienter mes compétences et ma carrière. De plus, j’ai acquis tout un ensemble de nouvelles habiletés qui élargiront mes possibilités professionnelles. »

« Durant mon stage d’été au C3G à Montréal, j’ai travaillé à développer un système de journalisation destiné à aider les utilisateurs à déboguer et surveiller les instances de Bento. Les technologies principales utilisées étaient Grafana et Loki. Grafana a été essentiel pour visualiser et analyser les journaux, tandis que Loki a permis d’agréger et de requêter efficacement les données. Cette exposition à des outils modernes de journalisation m’a permis de mieux comprendre comment gérer des systèmes complexes. J’ai aussi intégré ces outils au cadre existant, ce qui m’a donné une grande expérience avec des technologies telles que Docker, React, Python et NGINX, le tout dans un environnement de production. Finalement, ce fut une expérience d’apprentissage incroyable, et je souhaite le meilleur au C3G pour l’avenir! »

« Pour mon stage, j’ai dû créer un tableau de bord interactif montrant l’évolution de divers paramètres de séquençage au fil du temps. Cette opportunité m’a permis d’améliorer mes compétences en Python et SQL, tout en acquérant de nouvelles connaissances en R Shiny, Docker et Bash dans un environnement HPC. Avec ma formation en biologie et une année d’expérience préalable en bioinformatique, ce stage m’a permis d’appliquer mes acquis et d’explorer des aspects du développement d’applications qui m’étaient jusque‑là inconnus. »

« Au cours de mon engagement prolongé au C3G, durant plusieurs étés, automnes et hivers, j’ai joué un rôle central au sein de l’équipe du projet Bento comme développeur full‑stack. Ma principale responsabilité concernait le développement du frontend. J’ai contribué à moderniser et adapter les interfaces afin de répondre à des exigences spécifiques, tout en conservant une grande autonomie créative. La culmination de ce travail a été la refonte de “Bento-public”. Cette mise à jour n’était pas qu’un changement visuel : elle a amélioré l’expérience utilisateur, optimisé la performance et assuré une excellente adaptabilité multiplateforme. Depuis, ce frontend est considéré comme une référence, servant même de modèle dans notre écosystème. Je travaille maintenant à concevoir une nouvelle interface frontend innovante. En utilisant Figma, je crée des prototypes détaillés alignés avec nos exigences techniques et esthétiques. Un aspect marquant de mon rôle a été l’interconnexion très forte entre le frontend et le backend. Ce défi m’a permis d’acquérir une compréhension approfondie du framework Django, du langage Python, du fonctionnement des bases de données SQL, du langage Go et des principes de conteneurisation avec Docker. Ces expériences m’ont offert une vision complète du développement full‑stack, de l’idéation jusqu’au déploiement. »

« Pendant mon stage, j’ai travaillé principalement sur le projet Freezeman, une application de suivi d’échantillons. Le projet utilise React (JavaScript) pour l’interface web et Django (Python) pour l’arrière‑plan. Ma tâche principale était d’implémenter de nouvelles fonctionnalités et de corriger celles existantes. Ma première contribution a été de produire un graphique interactif permettant aux utilisateurs d’explorer les processus traversés par un échantillon, comme l’extraction. Mon projet majeur a été de réduire le temps nécessaire pour exporter les informations des échantillons en fichier CSV, rendant possible l’exportation de plus de 200 000 échantillons en moins d’une minute. Grâce à l’équipe Magic et à l’exploration du projet, j’ai appris à comprendre leur système. Cela m’a aussi permis de saisir des concepts de base liés au séquençage génomique tels que la normalisation, le regroupement (pooling), etc. »

« Être stagiaire au C3G a été une occasion unique de découvrir de nouvelles façons de travailler et d’apprendre énormément sur GenPipes et la bio-informatique en général. Le fait de travailler dans une équipe bilingue m’a aussi permis d’améliorer mon anglais. Ce stage a également été une excellente occasion de découvrir Montréal et le Canada ! »

« Mon stage au C3G s’est déroulé à la fin de ma maîtrise en bio-informatique en France. J’avais deux missions principales. La première consistait à construire un pipeline Snakemake personnalisé pour utiliser NGSCheckMate afin de vérifier la corrélation entre les échantillons d’un même patient ou d’identifier les inversions d’échantillons ou contaminations potentielles. La seconde mission était de créer une interface R Shiny permettant aux utilisateurs d’explorer eux‑mêmes les résultats d’analyses unicellulaires, lesquelles comportent généralement beaucoup de valeurs d’expression. Cette expérience m’a donné une meilleure compréhension de l’architecture des réseaux et m’a permis de renforcer grandement mes compétences techniques. J’ai aussi eu la chance de rencontrer des personnes extraordinaires ayant des compétences très variées en informatique et en biologie. »

« Durant mon été avec l’équipe TechDev du C3G, j’ai évalué divers aligneurs Methyl‑seq pour tester leur vitesse, leur utilisation de mémoire et leur compatibilité avec GenPipes. Bismark était l’outil utilisé auparavant, précis mais très lent. J’ai trouvé que GemBS offrait une amélioration majeure en vitesse tout en étant légèrement plus précis. À la fin de mon stage, j’avais commencé à intégrer GemBS dans GenPipes, en plus d’ajouter d’autres outils Methyl‑seq comme MethylDackel. Ce fut une expérience formidable : j’y ai appris Unix, le développement Python, le travail en environnement HPC et l’utilisation de formats et outils bioinformatiques variés. J’ai aussi pu approfondir mes connaissances théoriques en bioinformatique et en génomique grâce à l’application concrète de mes cours et aux Journal Clubs hebdomadaires ! »

« Pendant mon stage au C3G, j’ai eu l’occasion de travailler sur plusieurs projets pratiques en bioinformatique. Le premier consistait à analyser les données de séquençage d’un génome de souris transgénique pour détecter un événement d’insertion/délétion non détecté par les méthodes habituelles. Ensuite, j’ai comparé les différences entre les références génomiques GRCh37 et GRCh38 en appliquant la pipeline RNA‑seq de GenPipes à des données déjà analysées. Puis j’ai participé à un projet visant à reproduire une étude sur l’optimisation du séquençage et de la détection des virus mosaïques du manioc (CMV) en Afrique, dans le cadre de TreeLab, avec l’objectif final de permettre la détection directement sur le terrain à l’aide d’un simple ordinateur portable. »

« Tout au long de mon stage au C3G, j’ai travaillé sur deux projets principaux. J’ai d’abord développé des outils de visualisation de données web pour une base de données génomique fédérée, permettant aux utilisateurs de visualiser des variants génomiques. Ensuite, j’ai implémenté un arbre décisionnel pour guider les chercheur·euse·s concernant la protection des données sensibles en santé humaine. N’ayant aucune expérience préalable en génomique, j’ai beaucoup appris sur la bio-informatique, les variants génomiques et les lois encadrant la protection des informations personnelles. »

« Durant mon stage, j’ai organisé de grandes quantités de données épigénomiques selon les standards de l’IHEC. J’ai écrit un script pour récupérer les métadonnées de la base IHEC, puis un programme pour réorganiser les fichiers selon la norme internationale. La partie la plus intéressante a été d’écrire un outil de recherche permettant de trouver rapidement les fichiers selon des caractéristiques comme l’âge du donneur, le tissu ou le type d’expérience. J’ai adoré travailler au C3G. J’ai pu utiliser un cluster informatique pour la première fois, améliorer mes compétences en UNIX et perfectionner ma maîtrise de Python. »

« Au cours de mon stage au C3G, j’ai travaillé sur plusieurs projets clés, notamment la génération de jeux de données FHIR synthétiques à l’aide d’API FHIR pour tester les algorithmes d’ingestion du service de métadonnées. J’ai aussi cartographié le standard GA4GH Phenopackets vers le standard mCODE, puis les données d’une initiative COVID‑19 (CanCOGen) vers le schéma Phenopackets. Ce stage très pratique m’a permis d’apprendre énormément, tant sur les API et la documentation de standards de données que sur la programmation, malgré mon profil plus clinique qu’informatique. »

« Pendant mon stage, j’ai travaillé au développement d’une nouvelle pipeline GenPipes appelée EpiQC, destinée à évaluer la qualité des fichiers ChIP‑seq (bigWig). J’ai implémenté plusieurs métriques à l’aide d’outils tiers comme BigWigInfo, ChromImpute et EpiGeEC, en plus de coder plusieurs scripts Python. Après des tests sur de petits jeux de données, j’ai exécuté EpiQC sur les quelque 2 500 fichiers ChIP‑seq disponibles via le portail IHEC. J’ai énormément appris sur les clusters informatiques, la gestion de grands volumes de données et Python. »

« À l’été 2019, j’ai travaillé sur des analyses métagénomiques. J’ai notamment installé le pipeline WGS MOCAT2 sur les clusters du C3G. Comme elle ne fonctionnait pas telle quelle, nous avons débogué et écrit nos propres scripts d’enrobage. Nous avons aussi modifié le code de MOCAT2 pour réduire certaines étapes de plusieurs heures (ou jours) à quelques minutes, tout en diminuant l’utilisation de RAM de 250–500 Go à moins de 1 Go. Nous avons utilisé MOCAT2 pour analyser 156 échantillons fécaux afin d’étudier la relation entre le microbiome intestinal et la fibromyalgie. Sans expérience préalable en bio-informatique, j’ai énormément appris, autant sur le séquençage, les pipelines, la manipulation de très grands jeux de données que sur l’utilisation d’un cluster. »

« Pendant mon stage en développement web au C3G, j’ai travaillé à améliorer le tableau de bord GenPipes pour la visualisation des exécutions de pipelines. J’ai acquis une grande expérience avec des outils modernes du frontend et du backend tels que React, Redux, Node.js et Express. Mon objectif principal a été d’améliorer les performances du site et d’ajouter de nouvelles fonctionnalités, notamment un moteur de recherche d’échantillons efficace, le chargement différé (lazy loading) et le défilement virtuel. J’ai également développé une vue graphique de l’exécution des échantillons, une page de statistiques de projet, ainsi qu’un nettoyage général de l’interface utilisateur. Ce stage m’a permis d’apprendre les meilleures pratiques pour garder un code clair et concis. »

« En tant que Stagiaire en développement logiciel au C3G, j’ai travaillé sur trois projets : un outil pour examiner la production scientifique de Génome Canada, un site web présentant les liens de recherche entre les professeur·e·s de McGill, particulièrement dans le cadre de l’initiative McGill en médecine computationnelle, ainsi qu’un explorateur pour les données produites par l’outil MHcut (une collaboration entre le laboratoire du Dr Bourque et le laboratoire Woltgen de l’Université de Kyoto). Durant mon stage, j’ai principalement utilisé Python pour écrire des scripts et des services web backend, ainsi que D3 pour produire des interfaces interactives en JavaScript basées sur les données. »