Outils logiciels

GenPipes

GenPipes est un logiciel libre de gestion de flux de travail pour la génomique, offrant des pipelines prêts à l’emploi et compatible avec les environnements HPC et infonuagiques.

Documentation | GitHub | Publication

Bento

La plateforme Bento, développée par l’équipe de données du C3G, aide à gérer et structurer les ensembles de données cliniques, génomiques et multiomiques. Conçue selon les normes de la GA4GH, elle favorise les pratiques de données FAIR afin d’optimiser l’impact et la valeur scientifique des projets de recherche.

Site web | GitHub

CVMFS

Le C3G, en collaboration avec l’Alliance de recherche numérique du Canada, assure la maintenance de modules logiciels bioinformatiques ainsi que de fichiers de référence génomique, disponibles sur les serveurs de calcul comme Narval, Nibi, Fir et Rorqual.

Modules | Génomes

ANCHOR

ANCHOR est un pipeline d’amplification du gène 16S rRNA conçu pour l’analyse de multiples échantillons environnementaux ou de microbiomes.

GitHub | Publication

FreezeMan

FreezeMan est un système de gestion des congélateurs et des informations de laboratoire conçu pour organiser, stocker et assurer le suivi des échantillons biologiques au sein d’un environnement de recherche.

Github

STRkit

STRkit est une boîte à outils d’analyse et de génotypage des répétitions en tandem courtes (STR) conçue pour les données de séquençage à longues lectures, notamment celles générées par la technologie PacBio HiFi.

GitHub | Publication