Découvrez l’une des solutions logicielles du C3G, sa raison d’être, ses forces, ses nouveautés et la façon dont elle continue de soutenir la communauté des sciences de la vie.

Qu’est‑ce que GenPipes ?

Les pipelines GenPipes offrent des analyses génomiques de haute qualité, optimisées pour les environnements de calcul haute performance (HPC) et infonuagiques. Il s’agit d’une plateforme open‑source (LGPL), basée sur Python, pour gérer les flux de travail (ou workflow) de séquençage de nouvelle génération (NGS). GenPipes est largement adopté dans le domaine des sciences de la vie. Il sert les professionnels de la bio-informatique, les étudiants et les chercheurs travaillant sur un large éventail d’analyses génomiques, et offre une documentation complète expliquant en détail chaque pipeline ainsi que ses résultats pour les utilisateurs.

Qu’est‑ce qui distingue GenPipes des autres plateformes d’analyse ou systèmes de gestion de workflows ?

GenPipes se démarque par sa flexibilité, son évolutivité et sa grande facilité d’utilisation. La plateforme s’adapte rapidement à de nouveaux systèmes, prend en charge plusieurs ordonnanceurs de tâches et types de déploiement, et propose un vaste ensemble de pipelines prêts à l’emploi. Son intégration avec l’Alliance de recherche numérique du Canada la rend particulièrement attrayante pour les chercheurs canadiens.

GenPipes offre également une faible barrière d’entrée : les utilisateurs n’ont pas à installer de logiciels, à gérer des génomes de référence ou à configurer des ressources informatiques, ce qui leur permet de lancer leurs analyses rapidement et avec confiance !

Quels sont les pipelines de GenPipes les plus utilisés ?

Les pipelines les plus populaires sont ChIP‑Seq, RNA‑Seq et DNA‑Seq. Le pipeline DNA‑Seq prend en charge plusieurs protocoles, ce qui le rend adapté autant aux analyses génomiques complètes standard qu’aux workflows jumelés pour la génomique du cancer.

Les pipelines génèrent plusieurs rapports et fichiers standards, tels que des BAM, des VCF, des appels de pics (peak‑calls) et des matrices d’expression.

GenPipes offre‑t‑il des fonctionnalités pour aider les étudiants et les chercheurs débutants ?

Oui! Pour rendre GenPipes encore plus accessible aux nouveaux utilisateurs, nous avons développé un nouvel outil appelé le GenPipes Wizard, avec l’aide d’une excellente stagiaire du C3G, Alexa Li Kim Wa.

Le Wizard est un assistant interactif qui aide les utilisateurs à :

• Identifier rapidement le pipeline le mieux adapté à leurs données
• Générer automatiquement la bonne commande pour lancer leur analyse

Quelle est la version la plus récente de GenPipes ?

Nous améliorons continuellement GenPipes en fonction des commentaires des utilisateurs et de nos propres tests internes. La mise à jour majeure de l’an dernier, la version v6.1.0, a introduit de nouveaux pipelines et retiré un outil qui n’était plus utilisé.

Notre plus récente version est une mise à jour mineure, axée sur la correction de petits bogues découverts lors des tests ou signalés par des utilisateurs. Cliquez ici pour en savoir plus sur notre dernière version : v.6.1.1.

Si vous souhaitez contribuer aux futures améliorations, nous vous invitons à nous écrire : 

pipelines@computationalgenomics.ca

*Important pour les utilisateurs : Vous devriez toujours vérifier si une version est majeure, intermédiaire ou mineure. Les versions majeures peuvent briser la rétrocompatibilité (un facteur clé pour les projets de longue durée qui nécessitent des résultats comparables). Toutes les versions précédentes de GenPipes demeurent disponibles sous forme de modules, permettant de répéter une analyse avec une version antérieure au besoin.*

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