Dans l’étude des éléments transposables (ET), la génération d’un ensemble de séquences consensus de haute fiabilité, représentatives de la diversité des ET présents dans un génome donné, est une étape cruciale pour l’exploration de ces fascinants éléments génomiques.
Malgré l’existence d’algorithmes et de pipelines permettant d’identifier automatiquement les familles d’ET putatives présentes dans un génome, la production d’une bibliothèque de séquences consensus d’ET complètes et de haute qualité reste en grande partie un travail manuel. Ce savoir-faire n’est pas facilement accessible à tous, ce qui rend difficile l’acquisition de cette compétence hautement spécialisée pour les personnes extérieures au domaine.
Clément Goubert, du nœud C3G de Montréal, et d’autres contributeurs ont œuvré pour rendre ce savoir-faire accessible à tous. Ils ont comblé cette lacune en fournissant un ensemble de protocoles informatiques détaillés, des recommandations logicielles et des tutoriels vidéo destinés à ceux qui souhaitent réaliser la curation manuelle des ET. Des protocoles détaillés, étape par étape, destinés aux débutants, sont présentés dans les méthodes supplémentaires.
Publié le 10 mai 2022