Parallèlement à ses services d’analyse de données, Le Centre canadien de génomique computationnelle(C3G) a élaboré et contribué à divers outils et solutions logiciels conçus pour l’utilisateur de la communauté génomique. Nous maintenons également à jour un ensemble d’outils bio-informatiques et de ressources génomiques. Ces ressources sont disponibles, grâce à notre partenariat avec Calcul Canada dans tous ses centres de CHP. Vous trouverez ci-dessous une liste complète des outils développés par le C3G.
GenPipes a été développé comme un cadre flexible basé sur Python qui facilite le développement et le déploiement des processus à échelons multiples optimisés pour les grappes de Calcul de Haute Performance et l’infonuage. GenPipes est constitué de 12 pipelines validés et évolutifs pour diverses applications génomiques, notamment ARN-Seq, WGS, WES, ChIP-Seq et HiC.
Veuillez noter que la documentation fournie ci-dessous est disponible uniquement en anglais.
Afin de faciliter le déploiement de nos pipelines GenPipes dans différents environnements informatiques, nous avons lancé GenPipes dans l’infonuage en utilisant l’infrastructure Google Cloud Platform.
Veuillez noter que les documents techniques ci-dessous sont disponibles uniquement en anglais.
> Déployer GenPipes dans l’infonuage
> Accéder à GenPipes sur les serveurs de Calcul Canada
Le Centre canadien de génomique computationnelle(C3G), en partenariat avec Calcul Canada, offre et maintient un ensemble divers de ressources bio-informatiques pour la communauté. Cela comprend de nombreux outils bio-informatiques populaires et des génomes de référence, y compris les anciennes versions ainsi que les versions actuelles. En utilisant CVMFS, les utilisateurs peuvent se servir de ce logiciel sans se soucier de l’installation.
Veuillez noter que la documentation technique ci-dessous pour les modules CVMFS et les CVMFS génomes est disponible uniquement en anglais.
> Modules CVMFS
Le Synchronisateur du Génome Bactérien vous permet d’obtenir votre génome bactérien et une séquence de départ souhaitée et de réaligner le génome pour démarrer à cette séquence. Il inverse également votre génome s’il semble être dans la direction opposée à votre séquence de départ.
Veuillez noter que cet outil est accessible uniquement en anglais.
L’outil de reconstruction de génome bactérien est une application web qui vous permet d’identifier le génome bactérien séquencé par l’outil BLAST. Il vous permet également d’optimiser la longueur de lecture de vos séquences pour identifier quelle longueur offre le plus grand pourcentage de correspondance.
Veuillez noter que cet outil est accessible uniquement en anglais.
Bento est un ensemble de microservices libres et gratuits utilisés pour construire des plateformes de données. En adhérant aux Interfaces de Programmation d’applications (API) normalisées, existantes et prévues, Bento facilite les interactions entre les diverses communautés-omiques mondiales. Ses composants réutilisables et interopérables réduisent la complexité et les frais généraux liés à la construction de portails de distribution de données.
Veuillez noter que cet outil est accessible uniquement en anglais.
Phenome Central est un référentiel destiné aux cliniciens et aux scientifiques travaillant dans le domaine des maladies rares. Phenome Central encourage la collaboration scientifique mondiale tout en respectant la confidentialité des patients figurant dans cette base de données centralisée.
Veuillez noter que les renseignements détaillés concernant cet outil sont disponibles uniquement en anglais.
PhenoTips est un logiciel offrant une interface Web facile à utiliser et une base de données normalisée pour recueillir les symptômes cliniques et les résultats physiques observés chez les patients atteints de maladies génétiques. PhenoTips utilise le Human Phenotype Ontology (HPO) pour exprimer les phénotypes cliniques et fournit une interface conviviale permettant une recherche prédictive tolérante aux erreurs des descriptions phénotypiques.
PopSV est une méthode de détection des variants du nombre de copies (CNV) à partir du séquençage à haut débit. Le signal de profondeur de lecture anormale est détecté en utilisant une population d’échantillons comme référence.
Veuillez noter que la documentation technique fournie ci-dessous est disponible uniquement en anglais.
Seq2Fun est un outil de profilage fonctionnel ultra-rapide pour l’analyse de données d’ARN-Seq des organismes non-modèles. L’objectif est de fournir des résultats exploitables, sans avoir recours à assembler un transcriptome de novo.
Veuillez noter que les renseignements détaillés concernant cet outil sont disponibles uniquement anglais.
L’outil d’analyse “BAM et Variant” offre une liste de fonctions utiles désignées pour faciliter l’analyse et l’interprétation des données de séquençage nouvelle génération.
Veuillez noter que la documentation technique de cet outil est disponible uniquement en anglais.
PeakSeg est un modèle de segmentation par maximum de vraisemblance Poisson pour l’analyse des données ChIP-seq
Veuillez noter que la documentation technique associée est disponible uniquement en anglais.
Segmentation supervisée pour trouver simultanément les pics dans plusieurs échantillons ChIP-seq.
Veuillez noter que la documentation technique associée est disponible uniquement en anglais.
SCoNEs est un outil R dédié à l’estimation de la variabilité du nombre de copies dans le séquençage du génome entier de données appariées sur le cancer à l’aide d’une évaluation de la profondeur de lecture.
Veuillez noter que la documentation technique associée est uniquement disponible en anglais.
SilVA est un outil pour la prédiction automatisée de la nocivité des mutations silencieuses dans le génome humain. SilVA base ses prédictions sur un certain nombre de caractéristiques, y compris CpG, l’utilisation du codon, les sites d’épissage, les amplificateurs et les suppresseurs d’épissage, ainsi que l’énergie de l’ARNm sans pliage.
Veuillez noter que la documentation technique associée est disponible uniquement en anglais.
Développé avec l’équipe du Dr Trevor Pugh au Réseau universitaire de santé (UHN), le CReSCENT est un outil web pour l’analyse et la visualisation de l’expression unicellulaire du cancer. Il utilise des ensembles de données publiques et des pipelines préconfigurés qui sont accessibles aux non-experts en biologie computationnelle. Les utilisateurs peuvent également télécharger leurs propres données scRNA-seq pour les analyser et les résultats peuvent demeurer privés ou partagés avec d’autres utilisateurs.
Veuillez noter que l’accès associé est disponible uniquement en anglais.
EpigenCentral est un portail web qui utilise l’apprentissage automatique et les modèles prédictifs afin d’analyser les données épigénétiques et détecter les tendances liées aux maladies. Développé en collaboration avec le laboratoire Rosanna Weksberg, l’EpigenCentral est conçu comme une base de connaissances pour la communauté biomédicale et les cliniciens sur les signatures épigénétiques dans les troubles neurodéveloppementaux.
Veuillez noter que la documentation technique et l’accès associés sont disponibles uniquement en anglais.
STAGER est un tableau de bord Web conçu pour le partage, le suivi et l’analyse des ensembles de données génomiques et exomiques qui font partie du projet Care4Rare. Les utilisateurs peuvent télécharger des ensembles de données et demander diverses analyses des données au moyen de pipelines automatisés.
Veuillez noter que la documentation technique et l’accès associés sont disponibles uniquement en anglais.