Le Centre canadien de génomique computationnelle(C3G) dirige et soutient plusieurs grands projets de leur développement à leur déploiement, incluant des solutions logicielles, telles que des API (Interface de Programmation d’applications) et des applications Web, afin de faciliter l’organisation, la découverte et la visualisation de projets à grande et à petite échelle. Nous avons énuméré ci-dessous les projets dans lesquels nous sommes actuellement impliqués.

Genome Canada logo

En tant qu’une des 10 plateformes technologiques en génomique (GTP) de Génome Canada, le C3G offre aux chercheurs au Canada et à l’étranger un accès à des services et logiciels d’analyse bio-informatiques de pointe.

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CoVSeq logo

CoVSeQ est un partenariat entre l’Institut national de santé publique du Québec (INSPQ) , le Centre Génome McGill et le C3G pour séquencer les génomes viraux des patients québécois atteints de la COVID-19. C3G est en charge du développement des pipelines et de l’analyse des génomes séquencés.

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COVID-19 Resources Canada logo

Le C3G est un partenaire fondateur de COVID-19 Resources Canada, une plateforme nationale en ligne pour regrouper les réponses à la pandémie de la COVID-19. Cette communauté Web coordonne les initiatives locales de bénévolat, soutient la recherche accélérée et présente les questions de santé pandémiques d’une manière fiable et accessible.

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GenPipes logo

GenPipes a été développé par le C3G comme un framework flexible basé sur Python qui facilite le développement et le déploiement de flux de travail multi-étapes optimisés pour les clusters de calcul de haute performance et l’infonuage. GenPipes est livré avec 12 pipelines validés et évolutifs pour diverses applications génomiques, notamment : RNA-seq, WGS, WES, ChIP-Seq et HiC.

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Bento

Bento est un ensemble de microservices libres et gratuits utilisés pour construire des plateformes de données. En adhérant aux Interfaces de Programmation d’applications (API) normalisées, existantes et prévues, Bento facilite les interactions entre les diverses communautés-omiques mondiales. Ses composants réutilisables et interopérables réduisent la complexité et les frais généraux liés à la construction de portails de distribution de données. Un grand nombre de nos projets, tels que EpiShare, le portail iCHANGE et le portail SIGNATURE, dépendent présentement sur la base d’infrastructure Bento.

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CanCOGEN logo

Le C3G soutient la production et l’organisation des données du projet HostSeq de CGEn, qui vise à séquencer les génomes de 10 000 Canadiens pour aider à comprendre l’architecture génomique de la réponse de l’hôte à la COVID-19.

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Epishare logo

C3G favorise le développement de l’initiative EpiShare Open Science afin d’améliorer l’accessibilité des ensembles de données épigénomiques et des données de référence sur l’expression de l’ARN aux utilisateurs dans le monde entier. En étroite collaboration avec l’International Human Epigenome Consortium (IHEC) et l’Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE), EpiShare adapte et offre les outils et les normes GA4GH pour rendre plus flexibles l’accès, le partage et l’analyse des données épigénomiques.

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Juno logo

Juno est une Infrastructure sous forme de service sécurisée (IaaS) qui permet aux chercheurs de stocker, d’accéder, de partager et d’analyser des données à n’importe quelle échelle, dans un environnement entièrement gardé et hautement sécurisé, tout en conservant le contrôle de leurs propres données en tout temps. Ce projet s’appuie sur le succès de l’infonuage sécurisé HPC4Health utilisé par les chercheurs et les cliniciens dans plusieurs hôpitaux de l’Ontario. Il est le fruit d’une collaboration entre C3G et Calcul Québec.

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Biobanque Quebecois COVID-19 logo

Mandaté par l’Agence de la santé publique du Canada, le Fonds de recherche du Québec – Santé (FRQS) et Génome Québec en réponse à la pandémie de la COVID-19, la BQC19 assure aux scientifiques dans le domaine de la santé l’accès au matériel biologique et aux données nécessaires à leurs recherches sur la COVID-19. Leurs découvertes permettent d’identifier les personnes les plus à risque et aident le gouvernement à prioriser les ressources du système de la santé, à prescrire des mesures sociales pour contrôler la propagation de l’infection, à planifier la reprise des activités économiques et à anticiper et mieux se préparer aux futures pandémies. Son infrastructure décentralisée permet la fédération de la recherche provinciale, nationale et internationale.

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EpiAtlas

EpiAtlas est une initiative multi-institutionnelle de retraitement des données du IHEC (International Human Epigenome Consortium) À l’aide d’un pipeline conteneurisé spécialement conçu pour les environnements CHP, il produit un atlas épigénomique uniforme et de référence pour de nombreux types de tissus. La méthodologie de traitement commune facilite les comparaisons directes à grande échelle entre les tissus et réduit la nécessité pour les chercheurs d’effectuer leurs propres évaluations chronophages et intensives du matériel.

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IHEC logo

Le International Human Epigenome Consortium (IHEC) coordonne la production de cartes épigénomiques de référence. Le portail de données du IHEC est la source officielle pour naviguer parmi plus de 7000 ensembles de données épigénomiques de référence du IHEC, générés à partir de plus de 600 tissus.  Le portail améliore l’utilité de ces cartes de référence en facilitant la découverte, la visualisation, l’analyse, le téléchargement et le partage de données épigénomiques à partir des interfaces riches et intuitives.

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Mi4 logo

Le MI4 de McGill finance la recherche sur le rôle des microbes dans les maladies humaines pour lesquelles il existe une cause immunologique primaire ou pour lesquelles le traitement vise principalement le système immunitaire. Le C3G soutient et contribue à cette initiative en réalisant des analyses bio-informatiques pour la plateforme de microbiome du Dr Ken Dewar.

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CanDIG logo

Analyse à l’échelle nationale, mais sur des données contrôlées localement. Le C3G est l’un des principaux contributeurs de CanDIG (Canadian Distributed Infrastructure for Genomics), une plateforme d’analyse distribuée de données génomiques privées et contrôlées localement. CanDIG s’appuie sur des projets établis et en cours tels que OpenID Connect et Keycloak pour des fins d’authentification, et les APIs et schémas GA4GH (Global Alliance for Genomics and Health) pour les données génomiques et leur échange.

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La Plateforme d’analyse génétique et génomique (GenAP) vise à faciliter le travail des chercheurs et des étudiants en offrant des applications web prêtes à l’emploi fonctionnant sur une infrastructure qui utilise actuellement l’infonuage de Calcul Canada et les ressources du CHP.

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Canadian SARS-CoV-2
Data Portal

Le Portail canadien de données sur le SARS-CoV-2, gérera et facilitera l’échange de données sur les séquences du génome viral entre les laboratoires de santé publique du Canada, les chercheurs et les autres groupes intéressés à accéder aux données à des fins de recherche et d’innovation.

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Bioinformatics
National Team

L’équipe nationale de bio-informatique de Calcul Canada est un partenariat entre Calcul Canada, le BC Genome Sciences Centre et le C3G qui s’engage à exploiter les ressources existantes de Calcul Canada et à développer des nouvelles ressources et pratiques.

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McGill Genome Centre logo

Le Centre Génome McGill (MGC) offre aux chercheurs canadiens et internationaux des technologies à haut débit et des approches de pointe pour soutenir les études génomiques de nouvelle génération. Le C3G agit comme la plateforme bio-informatique du MGC en  soutenant la production de données et les efforts de développement technologique du MGC. 

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