En tant que l’un des services les plus souvent demandés, notre équipe Services peut vous aider à tirer le maximum de vos données du séquençage ARN. Ce service inclut généralement :
- Prétraitement: Alignement, assemblage, quantification de l’expression
- Contrôle de qualité (QC) et analyse exploratoire (p. ex., PCA)
- Tester l’expression différentielle simple ou complexe à l’aide de modèles linéaires
- Visualisations personnalisées
- Testerles voies moléculaires (pathways) et les ensembles de gènes
- Autres : détection de eSNV, détection de fusions, déconvolution, PDX, décontamination, etc.
- Autres : analyse de l’épissage alternatif, etc.
(scRNA-Seq) est utilisé pour mesurer le profil d’expression du génome entier de cellules individuelles. Cela nous permet d’étudier de nouvelles questions biologiques pour lesquelles les modifications génétiques dans le transcriptome sont importantes (par exemple, l’identification du type de cellule et l’hétérogénéité des réponses cellulaires). Les stratégies d’analyse des données scRNA-Seq diffèrent évidemment de celles du Séquençage d’ARN en masse (bulk).
- Notre pipeline utilise Cell Ranger (10X Genomics) pour traiter des données unicellulaires de 10X et générer des matrices de comptage.
- Notre pipeline utilise l’extension R Seurat pour effectuer l’analyse scRNA-Seq, qui comprend :
- Contrôle de la qualité
- Exploration des données
- Regroupement et identification du type de cellule
- Expression différentielle entre les grappes (clusters)
- L’analyse de trajectoires est également effectuée pour découvrir des identités cellulaires variants de façon continue et dynamique, à l’aide de Monocle.
- Notre pipeline scRNA-Seq est également adapté pour traiter et analyser des données unicellulaires provenant de différentes plateformes.
Les livrables de base pour l’analyse des données de séquençage de la métagénomique sur l’amplicon (16S, 18S, ITS, COI) comprennent :
- Débruitage des lectures brutes (reads) aux VSA (variants de séquence d’amplicon) en utilisant le processus de dada2 ou Qiime
- Assignations taxonomiques
- Annotations fonctionnelles
- Fichiers de sortie utilisables avec Microbiomeanalyst ou Calypso, permettant aux chercheurs de créer facilement leurs propres graphiques de publication.
Nous sommes notamment engagés dans l’innovation en métagénomique et en métatranscriptomique. Nous offrons des pipelines analytiques intégrés et avancés pour les services de la métagénomique sur amplicon (16S, 18S, ITS, COI) ou la métagénomique du séquençage du génome entier (WGS), et la métatranscriptomique (ARN-Seq). Les réseaux métaboliques de KEGG (image en haut) et les réseaux de co-occurrences (image en bas) peuvent être dérivés des livrables du Séquençage du Génome entier (WGS) et 16S en utilisant la plateforme interactive d’analyse de microbiome.
Nous possédons une vaste expérience avec l’assemblage de novo des petits génomes (haploïde, procaryotes, archées) et grands génomes (diploïde ; eucaryotes) en utilisant à la fois des technologies de lectures longues et de lectures courtes pour les approches d’assemblage hybride.
Notre palette d’outils inclut également :
- Détection, polissage et circularisation des chromosomes/s bactériens ou d’autres molécules circulaires (plasmide, mitochondrie)
- Amélioration de l’assemblage de novo à l’aide des données des technologies d’appoints (p. ex., Hi-C (Cliquez ici pour plus de détails)
- Processus d’annotation complets (p. ex., Pipeline d’annotation du génome procaryote (PGAP), Augustus/MAKER pour les eucaryotes)
- Détection de variants de référence (INDEL, SNP, grands réarrangements structuraux, allèles phasés) et comparaison de génomes multiples.
- Identification des isoformes pleine-longeur de l’ARN et détection des nouveaux isoformes
- Détection de modifications de base épigénétiques (modifications de l’ADN microbien/eucaryote)
- Échantillons environnementaux multiplexés (p. ex., résolution au niveau de l’espèce au moyen de l’ADNr 16S/18S complet, régions STI)
Le séquençage longues lectures (long reads) offert par les fournisseurs de séquençage de troisième génération (p. ex., PacBio (Cliquez ici pour plus de détails) , Oxford nanopore (Cliquez ici pour plus de détails) permet de capturer de grandes régions du génome difficiles à assembler (p. ex., TE, répétitions, îlots d’ARNr) en une seule longue lecture qui peut ensuite être saisie avec précision dans l’assemblage de novo.
L’ajout de longues lectures de PacBio HiFi (PacBio (Cliquez ici pour plus de détails), qui sont de type Illumina, ainsi que les progrès croissants en termes de réduction des coûts font le séquençage de longues lectures une solution attrayante pour de nombreux types de projets.
Nous sommes toujours passionnés et motivés à innover et à utiliser les dernières technologies de séquençage afin de réaliser les projets de nos clients et collaborateurs et ainsi contribuer à leur succès.
Nous avons une grande expérience dans l’identification de variants à partir de données de séquençage de génome entier (WGS) ou de séquençage d’exome entier (WES). Ce service inclut généralement :
- Traitement des données de séquençage brutes des appels de variants selon les meilleures pratiques de GATK.
- Détection des variants structuraux et des variants du nombre de copies (CNV).
- Annotations et filtrations des variants en fonction des besoins spécifiques du projet pour aider à la priorisation des variants (par exemple, de novo, hétérozygotes composites en trios en utilisant le programme GEMINI framework.)
À titre d’exemple, notre travail a contribué aux articles scientifiques suivants:
- Nicolas, G., Charbonnier, C., Wallon, D. et al. SORL1 rare variants : a major risk factor for familial early-onset Alzheimer’s disease. Mol Psychiatry 21, 831-836 (2016). Cliquez ici pour accéder à l’article .
- Monlong J, Girard SL, Meloche C, Cadieux-Dion M, Andrade DM, Lafreniere RG, et al. (2018) Global characterization of copy number variants in epilepsy patients from whole genome sequencing. PLoS Genet 14(4) : e1007285. Cliquez ici pour accéder à l’article.
En séquençant l’ADN des cellules cancéreuses et saines, le séquençage du génome entier (WGS) permet également de découvrir de nouveaux variants associés au cancer, y compris des variants d’un seul nucléotide (SNVs), des insertions/délétions (INDELs), des variants structuraux (SVs) et des altérations du nombre de copies (CNAs).
- Nous employons une combinaison d’algorithmes de détection qui génèrent un ensemble fiable de variants de paires tumeur/normal. Pour l’appel des variants SNV et INDELs, nous avons appliqué l’approche ensembliste Bcbio.variations avec les appels GATK MuTect2, VarDict, Strelka2 et VarScan2. Les variants détectés par au moins deux outils sont sélectionnées.
- De même, les variants structuraux ont été identifiés en utilisant de multiples outils, comme DELLY, LUMPY, WHAM et SvABA, qui ont été combinés à l’aide de MetaSV.
- Les événements d’amplification et de délétion chromosomiques et spécifiques à un gène peuvent être déduits des données de séquençage à l’aide deCNVkit, qui analyse les informations sur la couverture. Notre pipeline intègre également des outils spécifiques pour le cancer pour estimer la pureté de la tumeur et la ploïdie tumorale de la paire d’échantillons tumeur/normal.
- La liste des variants est annotée de différents types d’information, comme les gènes/transcriptions touchés, l’emplacement génomique, les conséquences/effets ainsi que les variants connus de la base de données cliniques (p. ex., ClinVar et CIViC).
- Notre pipeline WGS tumeur/normal est également applicable aux modèles de xénogreffes dérivées de la tumeur du patient (PDX) et aux modèles murins.
Pour les organismes dépourvus d’un bon génome de référence ou de transcriptome, nous effectuons l’assemblage de novo et l’annotation en utilisant les dernières approches récentes.
- Assemblage et quantification de la avecTrinity
- Annotation avec Trinotate
- Analyse de l’expression différentielle et analyse d’enrichissement GO/KEGG
- Visualisations personnalisées
Quelques exemples de publications auxquelles nos services d’assemblage du Séquençage ARN ont contribué :
- RNA-sequencing to assess the health of wild yellow perch (Perca flavescens) populations from the St. Lawrence River, Canada. [PMID: 30296762]
- Snow crab (Chionoecetes opilio) hepatopancreas transcriptome: Identification and testing of candidate molecular biomarkers of seismic survey impact. Click here to access the publication.
- Transcriptomic Response of Purple Willow ( Salix purpurea) to Arsenic Stress [PMID: 28702037]
Les profils génomiques des sites d’interaction protéine-ADN/modification des histones, et d’accessibilité à la chromatine réalisés par les séquençages Chip-Seq et ATAC-Seq, respectivement, fournissent des informations précieuses sur la structure régulatoire du génome.
- Pour les séquençages ChIP-Seq et ATAC-Seq, nous fournissons une liste de pics significatifs annotés avec l’emplacement génomique (distance au gène le plus proche et annotation génique) et les enrichissements de motifs.
- Pour la visualisation, nous générons les marques épigénétiques via le navigateur UCSC Genome Browser ou le navigateur WashU Epigenome Browser. Les tracés de métagènes et les cartes de densité d’enrichissement sont également générés à l’aide de de ngs.plot ou HOMER.
- La liaison différentielle et l’accessibilité pourraient également être évaluées en obtenant d’abord un « ensemble de pics de référence » en fusionnant les pics entre les échantillons de différents groupes.
Ces ensembles de données peuvent être intégrés à d’autres méthodes, comme l’ARN-Seq, pour une approche multi-omique de l’étude de l’expression des gènes.
Les analyses épigénomiques impliquent également l’étude des changements dans la méthylation de l’ADN. Avec notre pipeline méthyl-Seq :
- Les lectures sont alignées sur un génome de référence converti en bisulfite, et les niveaux de méthylation pour chaque site CpG sont estimés à l’aide de Bismark.
- La méthylation différentielle est réalisée à l’aide de modèles linéaires simples ou complexes
Notre pipeline méthyl-Seq est également applicable au séquençage au bisulfite à représentation réduite (RRBS) et au séquençage au bisulfite ciblé à l’aide du système SeqCap Epi.
Nous pouvons vous aider à cartographier les interactions de chromatine à longue distance pour interroger la structure 3D du génome. Ce service inclut généralement :
- Prétraitement : alignement, filtration des paires
- Normes ENCODE QC
- Contact Maps, annotation de domaine d’association Topologique (TAD)
- Autres : visualisation, intégration avec d’autres données génomiques (ChIP-Aeq), etc.
Lalonde, Simon, et al « Integrative analysis of vascular endothelial cell genomic features identifies AIDA as a coronary artery disease candidate gene. » Genome biology 20.1 (2019) : 1-13.
Nous pouvons vous aider avec la bio-informatique structurale qui s’intègre à d’autres études génomiques.
Ce service comprend généralement :
- Visualisation de la structure
- Mappage des mutations.
- Simulation de Dynamique Moléculaire (MD), énergie de Liaison
- Contact Maps
Nous offrons également les services énumérés ci-dessous aux clients :
- Autres essais unicellulaires (snATAC-seq, snDNA-seq)
- Analyses intégratives (p. ex., avec SNF)
- Micropuces d’expression et de méthylation
- Misc. Essais de séquençage divers : DRIPc-seq, RIP-seq, etc.
- miRNA et autres ARN-seqs
- Données CRISPR-Cas9 et analyse statistique
- Séquençage des pools (pool-seq)
- Génomique des populations : GBS, RAD-Seq
- CyTOF
- Intégration des données Métabolomiques (à partir de données traitées uniquement)
- Protéomique (même avertissement que pour la métabolomique)
- Maladies rares
- Calcul informatisé sécurisé
- Visualisation et analyse du réseau
- Analyse d’image
