L’Equipe Biographie

Guillaume Bourque, Ph.D
Directeur

Dr. Bourque a rejoint l’Université McGill en 2010 en tant que professeur au département de Génétique Humaine et directeur de la bioinformatique au Genome Center à McGill. Il dirige le Centre canadien de génomique computationnelle(C3G) pour offrir des services de bio-informatique, une plateforme bioinformatique de Génome Canada, et le projet McGill de Médecine Computationnelle (MiCM). Dr. Bourque est également à la tête de l’Epigenomics Mapping Center de McGill, un projet qui supervise la génération et le traitement de données dans le cadre du Consortium Canadien de Recherche en Épigénétique, Environnement et Santé (CCREES), qui est associé au Consortium International sur l’Épigénome Humain (IHEC). Il préside le groupe de travail d’Analyse Intégrative d’IHEC. Dr. Bourque est le consultant externe de l’Encyclopédie d’Éléments ADN financé par les États-Unis (ENCODE project). Il fait aussi partie du comité directeur de l’Alliance Globale de Génomique et Santé (GA4GH) depuis que deux de ses projets, CanDIG et EpiShare, ont été sélectionnés comme projets moteurs par l’organisation. En 2019, son leadership en Infrastructures de Recherche Digitale a été reconnu et il a été élu comme l’un des quatre directeurs du Conseil Demandeur de la nouvelle organisation qui coordonnera de tels efforts au Canada. Cette nouvelle organisation, appelée la Nouvelle Organisation d’Infrastructure de Recherche Digitale (NDRIO), est financée par le ministère de l’Innovation, Sciences et Développement économique Canada (ISED), avec un budget de 375 M$ pour les 5 prochaines années, dans le but de déployer et coordonner une infrastructure nationale (englobant le calcul de haute performance, des logiciels et la gestion de données) qui soutiendra toutes les activités de recherche. De 2020 à 2021, il a été le directeur inaugural du comité de recherche du NDRIO.

Mathieu Bourgey, Ph.D
Bioinformaticien Manager, unité Tech dev

Mathieu est le gestionnaire de l’équipe TechDev , il s’occupe du support et de l’intégration des nouvelles technologies génomiques au sein de la plateforme et gère le développement logiciel de l’équipe. Avant de rejoindre le C3G, Mathieu a été le chef d’équipe de l’unité des Services de Bioinformatique chez Génome Québec. Il possède un doctorat en Génétique Statistique de l’université Paris-Sud XI ainsi qu’une maîtrise en Génétique de l’Université Pierre-et-Marie-Curie Paris VI.

François Lefebvre, B.Ing, M.Sc.
Bioinformaticien Manager, unité des Services

François dirige l’unité des Services du C3G de Montréal, dont le but est d’aider les chercheurs à tirer le maximum de leurs expériences. Il est impliqué dans la planification et le suivi des projets d’analyse des données scientifiques. Avant de rejoindre McGill, François travaillait en tant que bioinformaticien en immunologie avec Dr. Rafick-Pierre Sékaly à Montréal et en Floride. Il a un baccalauréat en ingénierie de l’Université de Laval ainsi qu’une maîtrise en Bioinformatique de l’Université de Montréal.

David Bujold, M.Sc.
Bioinformaticien Manager, unité des Données

David développe des solutions logicielles appliquées à la bioinformatique depuis plus de 15 ans, plus particulièrement pour faciliter le stockage, la découverte, l’analyse et la visualisation de (méta)données en génomique. Il s’est joint au McGill Epigenomic Data Coordination Center en 2012 pour relever des défis reliés à l’épigénomique, et a depuis contribué à plusieurs projets de gestion et de distribution de données, notamment le IHEC Data Portal. Il travaille aussi sur les plateformes CanDIG et EpiShare, dont le but est de rendre les données de génomique et d’épigénomique sous accès contrôlé plus facilement accessible, tout en conservant la protection des données sensibles des participants.

Ksenia Egorova, M.Sc.
Gestionnaire de Programme

En tant qu’administratrice de recherche chez du C3G depuis Janvier 2019, Ksenia supporte l’équipe dans ses démarches administratives de recherche. Elle aime aider les autres tout en maintenant les projets et les activités du laboratoire organisés et s’assurant que tout se passe bien. Ksenia travaille au McGill Genome Center depuis 2016. Avant de rejoindre McGill, elle travaillait en tant que PR Manager auprès du gouvernement russe. Elle a une maîtrise en sciences économiques de l’Université du Québec à Montréal ainsi qu’une maîtrise en ressources humaines de l’Université de Nice Sophia Antipolis en France.

Rachade Hmamouchi, M.Sc.
Gestionnaire de Programme

En tant que gestionnaire de programme, Rachade dirige l’organisation des séminaires actuels et le développement des nouveaux. Elle contribue également au développement et à l’implémentation de stratégies publicitaires pour le C3G. Rachade a une formation en bioinformatique et en gestion de projets dans le domaine académique mais aussi industriel. Elle a obtenu une maîtrise en bioinformatique et analyse de données à l’Université de Genève.

Emmanuel Gonzalez, Ph.D
Chef d’Équipe Métagénomique

Emmanuel est le spécialiste maison dans tout ce qui touche à la métagénomique et au microbiome. Il est impliqué dans plusieurs projets de grande envergure qui explorent le lien entre le microbiome et différentes pathologies. Emmanuel Gonzalez a obtenu un PhD en chimie calculatoire et théorique de l’Université de Montréal. Avant de rejoindre McGill, il était membre du Centre Norvégien d’Excellence de Chimie Calculatoire et Théorique et IRBV à l’Université de Montréal.

Gary Leveque, M.Sc.
Bioinformaticien Spécialiste

L’atout de Gary en tant que membre de l’équipe “services” du C3G est d’assister les chercheurs en génomique qui s’intéressent à l’assemblage De Novo de nouveaux organismes. Avant de rejoindre C3G il travaillait à Génome Québec à Montréal dans l’équipe d’analystes de données où il soutenait les actions du groupe de séquençage depuis 2010. Il a également une grande expérience avec les techniques de laboratoire en lien avec la génomique, il aide donc au dépannage des problèmes potentiels provenant du laboratoire. Gary a obtenu une maîtrise à McGill au département de Génétique Humaine.

Robert Eveleigh, M.Sc.
Bioinformaticien Spécialiste

En tant que bioinformaticien spécialiste au sein de l’unité TechDev depuis 2021, Rob est responsable de la maintenance des pipelines GenPipes DNA-Seq, TumorPair and RNA-Seq. Il est impliqué dans plusieurs projets sur le cancer et les populations à grande échelle tels que PROFYLE, CGEN, Gen3G et Hostseq au sein desquels il applique son expertise à la détection de variants, au benchmarking, à l’annotation et à l’interprétation. Avant de rejoindre McGill, Rob travaillait en bioinformatique évolutionnaire, il a obtenu une maîtrise en biologie computationnelle de l’Université Dalhousie ainsi qu’un diplôme en génie logiciel de l’Université du Nouveau Brunswick (UNB).

Pascale Marquis, M.Sc.
Bioinformaticien Consultant

Pascale offre ses services aux clients et utilisateurs du C3G en tant que bioinformaticienne consultante. Elle travaille principalement sur des projets à grande échelle à propos de l’ensemble du génome, mais elle est aussi impliquée dans l’analyse de données Séquençage Amplicon et Séquençage ARN. Elle a obtenu une maîtrise en sciences des plantes à l’Université de Laval.

Édouard Henrion, M.Sc.
Développeur de Logiciels

Depuis novembre 2015, Edouard a rejoint l’équipe Tech Dev du C3G en tant que développeur de logiciels bioinformatiques. Il est impliqué dans le développement de pipelines et d’outils d’analyse pour la communauté. Il répond aussi aux requêtes d’utilisateurs et résout les différents problèmes logiciels. Avant de rejoindre McGill, Edouard a travaillé pendant 9 ans en tant que bioinformaticien dans le laboratoire de Guy A. Rouleau en se focalisant sur la compréhension des troubles neuronaux et des maladies du cerveau. Il a une maîtrise en bioinformatique et génomique de l’Université Versailles, France.

José Héctor Gálvez, M.Sc.
Bioinformaticien Spécialiste

José Hector est un spécialiste bioinformatique dans l’équipe TechDev et le responsable de la maintenance des pipelines RNA-Seq et nanopore dans GenPipes. Il est aussi collaborateur du Projet de Séquençage Virale COVID-19 à Québec (CoVSeQ), dans lequel il fait du développement des pipelines, traitement des données et génération des rapports. De plus, il contribue à différents projets surtout dans les domaines de la transcriptomique, assemblage des génomes, séquençage avec lectures longues et épigénomique. Il a une maîtrise en sciences de l’Université McGill avec une concentration en bioinformatique.

Alain Pacis, Ph.D
Bioinformaticien Spécialiste

Alain a obtenu son diplôme de premier cycle à l’Université de Concordia en biologie cellulaire et moléculaire. En 2018, il termine son PhD en bioinformatique à l’Université de Montréal. Son travail de recherche se concentre sur la régulation génétique et épigénétique sur la réponse immunitaire innée en défense à une infection. En tant que bioinformaticien au C3G et au GCRC depuis août 2018, Alain est principalement impliqué dans des projets de Séquençage ARN à cellule unique, épigénomique et génomique cancéreuse.

David Anderson, B.FA.
Concepteur Web Consultant

Pierre-Olivier Quirion, Ph.D
Spécialiste du Calcul Informatique de Pointe (CIP)

Pierre-Olivier est le spécialiste du Calcul informatique de pointe (CIP) du groupe. Cette qualité lui permet d’être impliqué également au C3G et à Calcul Québec où il fait l’architecture, déploie, teste et optimise les applications du C3G. Avant de s’intéresser à la génomique, il a oeuvré dans la résolution de problèmes de logiciels dans des environnements de superordinateurs en tant qu’astrophysicien spécialiste des pulsations stellaires, directeur technique dans des studios de films d’animation et professionnel dans le laboratoire de neuroimagerie fonctionnelle d’un hôpital gériatrique.

Ksenia Zaytseva
Architecte Données Scientifiques

Senthilkumar Kailasam, Ph.D
Bioinformaticien Spécialiste

En tant que bioinformaticien spécialiste, Senthil est impliqué dans l’analyse de données de séquençage de nouvelle génération NGS, dans le développement de nouveau pipelines bioinformatics pour la génomique et la métagénomique, et dans la recherche collaborative en génomique au C3G. Avant de rejoindre le C3G, Senthil a fait un stage postdoctoral à l’Université McGill et à l’Université de Lethbridge en biologie structurelle et computationnelle et en épigénomique. Il possède un PhD en biophysique moléculaire de l’Institut de Science d’Inde (IISc).

Paul Stretenowich
Bioinformaticien Spécialiste

Depuis Avril 2019 Paul fait partie de l’équipe de Développement Technique en tant que spécialiste en bioinformatique. Il est impliqué dans le développement des pipelines de GenPipes, l’analyse bioinformatique et le support des utilisateurs de GenPipes. Avant de rejoindre McGill, Paul a travaillé pendant 1 an à l’Université de Montréal en tant que bioinformaticien. Il a un diplôme français d’ingénieur en biotechnologie.

Robert Syme Ph.D
Bioinformaticien Spécialiste

Après avoir terminé un stage postdoctoral en Australie, Rob rejoint l’équipe en tant que bioinformaticien spécialiste. Il est expert en génétique fongique/plante et en développement de ressources, de stratégies et d’infrastructures omiques pour les laboratoires travaillant avec des organismes non référence. Rob a plus d’une décennie d’expérience dans le domaine de la génomique et détient un doctorat en bioinformatique de l’Université Curtin.

Ulysse Fortier-Gauthier, Ph.D
Développeur de Logiciels Bioinformatique

Ulysse s’est joint à l’équipe de C3G comme développeur de logiciel bioinformatique pour aider au déploiement du SIL du centre de génomique de McGill. Depuis son arrivée à C3G, il a travaillé sur l’intégration du SIL Clarity au sein de l’infrastructure informatique du centre et il travaille maintenant au développement d’un logiciel libre de gestion des échantillons appelé Freezeman. Ulysse a travaillé dans le passé au développement d’un système de rapports pour un centre d’appel. Il a complété son baccalauréat en informatique à l’université de Sherbrooke et son doctorat en psychologie à l’université de Montréal. Ses recherches en psychologie portent principalement sur les domaines de l’attention visuelle et la mémoire à court-terme.

Pubudu Nawarathna, M.Sc.
Bioinformaticien Consultant

Pubudu est un consultant bioinformatique qui a rejoint l’équipe de TechDev depuis novembre 2019. Il est impliqué dans le développement des pipelines de GenPipes et le support de ses utilisateurs. De plus, il travaille sur plusieurs projets de recherche bioinformatique centrés sur l’épigénétique et la transcriptomique. Avant de rejoindre C3G, Pubudu a complété un M.Sc. en génétique humaine à l’université McGill.

Andres Tocasuche
Analyste Systèmes

David Brownlee, CD, M.Eng.
Curateur Données Scientifiques

En tant que membre de l’équipe Data, David organise des grands ensembles de données. Il gère aussi des bases de données publiques, en accord avec la mission de C3G de promouvoir la science dite ouverte. Avant son entrée dans le monde des sciences génomiques, il a travaillé avec des données issues du domaine du marketing et de la psychologie, et plus particulièrement sur l’automatisation d’assurance qualité et l’exploration de données. Il a complété son M. Ing. en génie logiciel à l’École de technologie supérieure de Montréal.

Brennan Brouillette
Développeur de Logiciels Bioinformatique

Solomia Yanishevsky, MHI
Administrateur des Données

Solomia détient un baccalauréat en sciences spécialisé en biologie et psychologie de l’Université de Toronto et elle a obtenu une maîtrise en informatique de la santé de l’université Dalhousie. Elle a rejoint C3G en tant que stagiaire en mai 2020. Solomia est maintenant administratrice de données et travaille avec les schémas de métadonnées et des jeux de données synthétiques afin d’être utilisés comme des données test. Solomia fait également de la modélisation de données et cartographie à travers différentes normes de métadonnées biomédicales les données existantes du C3G.

Mary Ann Kizhakechethipuza, ECBA, M.Sc.
Analyste d’affaires

Mary Ann a rejoint C3G en tant qu’analyste d’affaires en 2020. Depuis, elle est impliquée auprès de différents projets: “COVID-19 Resources Canada”, qui est une plateforme web nationale regroupant les différentes actions en réponse à la pandémie, de même que “Bento”, qui est un ensemble de microservices libre d’accès utilisés pour construire des plateformes de données. En tant qu’ingénieure aéronautique de formation, elle détient une maîtrise en génie aérospatial de l’Université de Glasgow et a travaillé précédemment pour l’industrie de l’aviation canadienne. Elle a aussi obtenu la certification en analyse d’affaires de l’Institut international d’analyse d’affaires (IIBA).

Gordon Krieger, M.A.
Développeur de Logiciels

Gordon a commencé la programmation informatique dès son adolescence, mais a ensuite fait un long détour dans la musique, ce qui lui a valu plusieurs albums, quelques films et une décennie d’écriture sur la musique expérimentale pour la Radio CBC. Il détient un diplôme en philosophie ainsi qu’en informatique.

Gerardo Zapata, M.Sc.
Bioinformaticien Consultant

Gerardo a obtenu en 2017 son baccalauréat en sciences à l’Université Dalhousie en se spécialisant en biologie marine, biochimie et en génétique. Il a ensuite obtenu une maîtrise en biochimie, spécialité bioinformatique à l’Université d’Ottawa en 2020 où sa recherche s’est concentrée sur la régulation épigénétique durant le développement murin sous la supervision du Dr. David Picketts au sein de l’Institut Hopital de Recherche d’Ottawa (OHRI). Au C3G, au sein de l’équipe de Services, Gerardo aide les chercheurs à compléter leurs expériences de séquençage nouvelle génération, et à extrapoler le maximum de leurs données.

Danielle Perley, M.Sc.
Bioinformaticien Consultant

Danielle est une bioinformaticienne consultante chez C3G, qui travaille sur plusieurs projets dont le séquençage amplicon, le séquençage d’ARN et le séquençage de Méthylations. Avant de rejoindre C3G, elle a travaillé comme analyste bioinformatique au groupe de Génomique de l’Université du Dakota du Nord. Elle détient une maîtrise en biologie évolutionnaire de l’Université du Nouveau Brunswick.

Sebastian Ballesteros Ramirez, B.Sc.
Développeur de Logiciels Bioinformatique

Sebastian s’est joint à C3G en tant que stagiaire en 2020, alors qu’il complétait son baccalauréat ès sciences en génie informatique à l’Université McGill. Après avoir obtenu son diplôme, il a rejoint l’équipe en tant que développeur de logiciels en travaillant sur des projets tels que EpiShare, Bento et FreezeMan. Il contribue au développement et à la mise en œuvre de solutions logicielles en utilisant diverses technologies.

Daniel Poppleton, Ph.D
Bioinformaticien Analyste

En août 2021, Daniel a rejoint l’équipe TechDev en tant qu’analyste bioinformatique. Son rôle principal est le traitement et l’analyse des données à l’aide des pipelines GenPipes. Il est titulaire d’un doctorat en bioinformatique de l’Université Pierre-et-Marie-Curie (Paris VI) / Institut Pasteur et d’une maîtrise en microbiologie de l’Université de Saskatchewan. Il nous a rejoint après avoir terminé son stage postdoctoral sur l’évolution des ruminants au Royal Veterinary College de Londres.